· Die Fischerei im Wattenmeer ist teilweise nur unzureichend reguliert und entspricht nicht den Anforderungen an ein Naturschutzgebiet.
· Das Ausbaggern sowie Abladen von Sand und Schlick beeinflussen das Ökosystem massiv.
· Die Förderung von Öl und das Suchen nach Gas stellen unter anderem durch ihre Verschmutzungen bzw. Lautstärke eine Belastung für das Wattenmeer und seine Bewohner dar.
· Die Schifffahrt bringt ebenfalls Verschmutzung und Lärm ins Naturschutzgebiet und sollte besser reguliert und kontrolliert werden.
· Der Klimawandel bedroht durch einen Anstieg des Meeresspiegels die Küsten. Beim Küstenschutz ist es wichtig, dass dieser mit dem Naturschutz einhergeht statt ihm im Wege zu stehen.
· Die landwirtschaftliche Nutzung der eingedeichten Marschen muss im Einklang mit dem Naturschutz stehen und darf keine Nähr- und Schadstoffe in das Wattenmeer einbringen.
· Der Tourismus in der Region muss nachhaltig sein und darf den Lebensraum Wattenmeer nicht bedrohen, wie z.B. durch Lichtverschmutzung, Urlaubsverkehr und Freizeitaktivitäten wie z.B. Kitesurfen.
· Der Verlust natürlicher Dynamiken und die Einführung von Landraubtieren auf den Inseln stellen eine Bedrohung für die zahlreichen Zugvögel dar.
Einige dieser Einflüsse bzw. die Kombination aus diesen führt zu Verschiebungen im Artenbestand: seien es Massenvermehrungen eingeschleppter Arten oder das Verschwinden empfindlicher Organismen. Neben auffälligen langfristigen Veränderungen gibt es auch schwer wahrnehmbare Beeinträchtigungen des Nährstoff- und Sedimenthaushaltes. Es ist zu beobachten, dass sich die aktuelle Artenzusammensetzung des Wattenmeeres, insbesondere in Kombination mit eingeschleppten Arten und den Folgen der Klimaänderung, zusätzlich verändert.